گام آغازین جهت ایجاد دانشگاه شهرکرد در خردادماه سال ۱۳۵۶ با تأسیس دانشکده‌ی دامپروری شهرکرد در یک ساختمان استیجاری واقع در میدان دانشگاه برداشته شد. با پایان یافتن انقلاب فرهنگی و بازگشایی دانشگاه‌ها در سال ۱۳۶۲، دانشکده‌ی دامپروری به آموزشکده‌ی کشاورزی تبدیل شد و به‌عنوان زیر مجموعه‌ی ای از دانشگاه صنعتی اصفهان با پذیرش ۳۰ دانشجو در دو رشته‌ی امور زراعی و امور دامی در مقطع کاردانی به کار خود ادامه داد. در سال ۱۳۶۷ آموزشکده کشاورزی به مجتمع آموزش عالی ارتقاء یافت و در تاریخ ۱۶ دی‌ماه ۱۳۷۰ با موافقت شورای گسترش آموزش عالی کشور مجتمع آموزش عالی شهرکرد به "دانشگاه شهرکرد" تبدیل شد. فضاهای آموزشی، کمک آموزشی و رفاهی موجود در دانشگاه بالغ بر ۱۴۷۰۰۰ متر مربع بوده و ۴۰۰۰۰ متر مربع نیز در دست احداث می‌باشد. دانشگاه شهرکرد در حال حاضر دارای ۳۳۰ عضو هیأت علمی، بیش از ۳۰۰ کارمند، بیش از ۷ هزار دانشجو و ۴۹ رشته در مقطع کارشناسی، ۷۹ رشته کارشناسی ارشد ، ۳۶ رشته دکتری تخصصی و ۱ رشته دکتری حرفه‌ای می‌باشد. در حال حاضر دانشگاه دارای ۸ دانشکده (فنی و مهندسی، ادبیات و علوم‌انسانی،علوم پایه، ریاضی، دامپزشکی، کشاورزی، منابع طبیعی و علوم زمین، علوم انسانی و هنر فارسان) ، ۶ پژوهشکده (فناوری جنین دام، زیست فناوری، بیماریهای مشترک انسان و دام، مرکز رشد، مرکز تحقیقات منابع آب و نانو) می‌باشد. همچنین در سال ۱۳۹۵ مرکز شتابدهی نوآوری و مرکزتخصصی آپا(آگاهی رسانی، پشتیبانی و امدادرسانی) در دانشگاه راه‌اندازی گردید.
دانشگاه شهرکرد در سال ۲۰۱۷ میلادی برای اولین بار در فهرست یک درصد دانشگاههای برتر جهان و هم چنین در زمره دانشگاههای موثر مهندسی جهان قرار گرفت و به لحاظ تولید بیشترین مقالات یک درصد برتر ISI در میان دانشگاههای جامع کشور موفق به کسب رتبه ۱۸ گردید. این دانشگاه از سال ۱۳۹۶ شروع به جذب دانشجویان خارجی در رشته‌های ادبیات و علوم انسانی و حقوق کرده است.
با توجهات و تدابیر دولت محترم و برنامه‌ریزی‌های منسجم و تلاش همه‌جانبه مجموعه دانشگاه شهرکرد، این دانشگاه توانسته است در عرصه‌های مختلف موفقیت‌های بزرگی به دست آورد و خود را به‌عنوان یکی از دانشگاههای موفق به عرصه آموزش عالی کشور معرفی کند.
افتخارات دانشگاه:
این دانشگاه توانسته است در عرصه های مختلف موفقیت های بزرگی به دست آورده و خود را به عنوان یکی از دانشگاه های موفق به عرصه آموزش عالی کشور معرفی کند. که از این توفیقات می توان به توفیق میزبانی و تدفین ۵ شهید گمنام در دانشگاه شهرکرد اشاره کرد.
همچنین کسب رتبه ششم دانشگاه های کشور در سرانه تعداد طرحهای پژوهشی درون دانشگاهی، کسب رتبه هفتم دانشگاه های کشور در سرانه مقاله های نمایه شده در ISI به ازای هر پژوهشگر و کسب رتبه یازدهم سرانه دستاوردهای علمی- پژوهشی در بین دانشگاه های سراسر کشور در حوزه پژوهشی است.
کسب مدال طلای آسیایی از اولین نمایشگاه و جشنواره اختراعات و ابتکارات ایده های برتر، کسب رتبه دوم جشنواره شیخ بهایی، کسب رتبه سوم جشنواره ملی جوان ایرانی، کسب مدال طلای المپیاد جهانی اختراعات نانو الکترونیک کره جنوبی، کسب رتبه اول جشنواره جوان ایرانی در بخش کشاورزی در بزرگترین نمایشگاه فناوری اطلاعات و ارتباطات جهان CEBIT به عنوان یکی از سه نماینده رسمی و علمی ایران، از افتخارات به دست آمده توسط واحدهای فناور مرکز رشد واحدهای فناوری دانشگاه شهرکرد است.
نسبت بیش از ۹۵ درصدی استادیار و بالاتر اعضای هیات علمی، توسعه چشمگیر رشته های تحصیلات تکمیلی و سهم ۷۰ درصدی رشته های تحصیلات تکمیلی از مجموع رشته های تحصیلی دانشگاه شهرکرد ، قبولی بیش از ۷۹ درصد دانش آموختگان مقطع کارشناسی نسبت به دانش آموختگان همان سال دانشگاه در آزمون سراسری کارشناسی ارشد سال ۹۰ و کسب رتبه ۱۷ کشور در قبولی دانش آموختگان کارشناسی ارشد در مقطع دکتری تخصصی، کسب رتبه دوم قبولی کارشناسی ارشد دربین دانشگاههای کشورتوسط دانشکده علوم ریاضی دانشگاه شهرکرد در آزمون سراسری کارشناسی ارشد سال ۹۱، کسب رتبه برتر توسط ده نفر از دانشجویان دانشگاه در المپیاد دانشجویی کشور و رتبه چهارم کشور درجذب عضو هیات علمی با درجه دکتری از جمله افتخارات این دانشگاه در حوزه آموزشی است.
انتخاب کرسی آزاداندیشی دانشگاه شهرکرد به عنوان کرسی آزاداندیشی برتر دانشگاه های کشور، کسب رتبه ۴ دانشگاه های بزرگ در فعالیت های فرهنگی، کسب رتبه دوم منطقه ۴ کشور در ارزیابی عملکرد حوزه فرهنگی دانشگاه ها، کسب عناوین برتر سه دوره جشنواره ملی حرکت(دستاورد های انجمن های علمی)، کسب رتبه برتر منطقه ۴ کشور در جشنواره ملی رویش(دستاوردهای کانون های فرهنگی) و کسب عناوین برتر جشنواره های مختلف کشوری و استانی نشریات توسط نشریات دانشجویی،از افتخارات دانشگاه شهرکرد در حوزه فعالیت های فرهنگی است.
کسب ۲ عنوان نمونه کشوری در کیفیت خوابگاه های دانشجویی، انتخاب به عنوان دانشگاه برتر در زمینه های سرانه فضای استاندارد هر فرد در خوابگاه و تنوع برنامه غذایی، قهرمانی و کسب عناوین برتر بسیاری از مسابقات ورزشی منطقه ای و کشوری و راهیابی به المپیاد ورزشی دانشجویان توسط تیم های ورزشی دانشگاه،کسب عنوان مرکز مشاوره دانشجویی فعال دانشگاه های سراسر کشور به انتخاب دفتر مرکزی مشاوره وزارت علوم در سال های ۹۰ و۹۱ و دبیر نمونه ی منطقه در سال ۹۱ و رشد ۷۵درصدی تسهیلات اعطایی به دانشجویان دانشگاه شهرکرد در سال تحصیلی ۹۲-۹۱، از افتخارات بدست آمده در حوزه معاونت دانشجویی دانشگاه است.
از افتخارات دیگر دانشگاه می توان به اخذ اعتبار علمی – پژوهشی از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری برای مجله پژوهش آب ایران، کسب رتبه پنجم طرح های برون سازمانی فنی و مهندسی کشور و کسب رتبه دوم سرانه درآمد پژوهشی جذب شده نسبت به پژوهشگر در بین پژوهشکده ها و مراکز تحقیقاتی کشور توسط مرکز تحقیقات منابع آب، تولید آزمایشگاهی جنین گوسفند و تولد اولین بره سالم در کشور از طریق لقاح خارج رحمی، همچنین تولید جنین های شبیه سازی شده گوسفند توسط پژوهشکده فناوری جنین دام ، اشاره کرد.